Die SKGLB hatte vielfältige Transportaufgaben. Im Personenverkehr diente sie vornehmlich der Beförderung von Schülern und Pendlern in die Landeshauptstadt Salzburg und zu den Schulbezirken Mondsee und Bad Ischl.

Besonders im Sommer entwickelte sich bald internationaler Tourismus, der der Bahn oft alle Kapazitäten abverlangte und zu einem wichtigen Standbein der SKGLB mutierte. Es kam sogar zur Führung von Reisebüro-Sonderzügen ab Salzburg ins Salzkammergut. Auch die Einführung des Theaterzuges zeigte den Stellenwert der Bahnlinie für die Kulturstadt Salzburg.

Der Güterverkehr konnte sich auf eine Vielzahl von Kunden im holzverarbeitenden Bereich stützen. Post-, Stückgut, aber auch Milchtransporte ergänzten die durch die SKGLB zu transportierende Produktpalette.

Erschwerend für die Erfüllung der Transportaufgaben durch die Bahn war der zunehmend veraltete Fuhrpark. Während die Güterwagen zwischen 1893 und 1906 gebaut wurden und bis 1957 in Dienst standen, wurden auch im Personenverkehr die letzten Modernisierungen 1928 durch die Inbetriebnahme der 5 4-Achs-Waggons getätigt.

Der Betrieb begann 1890 mit 8 täglichen Zügen pro Richtung zwischen Bad Ischl LB und Strobl.

1896 befuhren 6 durchgehende Zugspaare die Gesamtstrecke, hinzu kamen 4 Zugspaare auf Teilstrecken (z. B. Bad Ischl LB - St. Wolfgang LB).

1914 Begann die Ära der Schnellzüge. 2 mal täglich verbanden in den Sommermonaten Züge Salzburg mit Bad Ischl und retour in einer Fahrzeit von 2 Stunden 18 Minuten. Hinzu kamen 5 durchgehende Zugspaare sowie 3 Zugspaare auf Teilstrecken.

1919 Mußte aufgrund der wirtschaftlichen Situation der Nachkriegszeit der Zugsverkehr drastisch eingeschränkt werden. 2 tägliche Zugspaare mit Postkurs waren das gesamte Angebot.

1920 Wurde der "Theaterzug" eingeführt, welcher um 22.50 Salzburg verließ und bis Bad Ischl und retour fuhr (an Salzburg um 4.10). Das Publikum bestand vornehmlich aus Festspielgästen der Salzburger Festspiele.

Während der Staatsbahnzeit fuhren neben den beiden Schnellzugspaaren 5 durchgehende Zugspaare sowie einige Zugspaare in Teilstrecken.

1939 Auch 1939 verkehrten 10 Zugspaare in der Gesamt- oder auf Teilstrecken.

1957 Im letzten Jahr 1957 wurden noch 4 durchgehende Zugspaare und je 2 Züge auf Teilabschnitten in Betrieb gesetzt.

Auf der Nebenstrecke St. Lorenz - Mondsee fuhren bis zu 11 Zugspaare, vorwiegend betrieben durch den Triebwagen 672 (im Volksmund "Mondseer Kuh" genannt). Es bestand in St. Lorenz immer Anschluß zu den Zügen nach Salzburg und Bad Ischl.